Hmm, ik heb jaren terug in mijn Seat Leon een soortgelijk vreemd probleem gehad qua lekkage. Wanneer er een flinke regenbui kwam gutste het water naar binnen, echter met een hogedruk reiniger niets te vinden, idem in de wasstraat... Bij mij ging het echter om de verwarming en aan de voorzijde, uiteindelijk bleek er een filter verkeerd gemonteerd (gevouwen) te zijn, waardoor dit overliep wanneer er te veel water in kwam (beetje vaag uitgelegd maar verder ook niet zo interessant).
Ik zou als ik jou was naar het volgende kijken: controleer de rubbers rondom de achterklep eens op scheuren of vouwen waardoor het water verkeerd weggeleid wordt (richting de achterlampen etc.). Een andere (klassieke) tip is het met krijt bewerken van de binnenzijde van de achterklep, lampen etc. wanneer je een regenbui verwacht, wanneer er dan ergens contact met water optreedt zou dit moeten verkleuren. Dan kun je in ieder geval gerichter (laten) zoeken.
Hopelijk kun je er iets mee.